Radom AZTN-a upravlja Vijeće za zaštitu tržišnog natjecanja (dalje u tekstu: Vijeće), koje se sastoji od pet članova: predsjednik Vijeća, zamjenik predsjednika Vijeća i tri člana Vijeća. Predsjednika i članove Vijeća na tu dužnost imenuje Hrvatski sabor na prijedlog Vlade Republike Hrvatske na mandat od pet godina. Kriteriji za izbor predsjednika i članova Vijeća propisani su ZZTN-om. Zamjenika predsjednika Vijeća, na prijedlog predsjednika Vijeća, bira Vijeće između članova Vijeća.

Vijeće je tijelo koje odlučuje o svim pitanjima za koje je AZTN nadležan u provedbi ZZTN-a i ZNTP-a. Odluke o svim općim i pojedinačnim aktima AZTN-a, Vijeće donosi na sjednicama Vijeća, većinom od najmanje tri glasa, a za meritorno donošenje odluka na sjednici Vijeća mora uvijek biti nazočan predsjednik Vijeća ili njegov zamjenik i još najmanje dva člana Vijeća. Pri donošenju odluka članovi Vijeća ne mogu biti suzdržani.

Slijedom obrazloženog, Vijeće AZTN-a čine: dr.sc. Mirta Kapural, dipl.iur., predsjednica Vijeća (u prvom mandatu od listopada 2021.) te članovi Vijeća (u prvom mandatu od 28. veljače 2024.): mr.sc. Branimira Kovačević, dipl. oec, zamjenica predsjednice Vijeća,  Sandra Mikinac, dipl. iur., članica Vijeća, Hrvoje Šeremet, dipl. iur., član Vijeća i Denis Matić, dipl.iur., član Vijeća.